高压灭菌器通过产生高温高压的蒸汽来杀灭细菌、病毒和其他微生物。这种蒸汽可以渗透到物品的每一个角落，确保消毒。
高压灭菌器与高压锅的不同之处在于灭菌器的动作更为严峻。待消毒的器械存放在灭菌器腹部的室内。灭菌器一打开，就将浓密的蒸汽云送入腔室。此时，压力和温度开始升高。通常，大多数高压灭菌器都希望维持约120℃(约250°F)的温度。
该设备包括多个阀和管道，以允许蒸汽进入腔室并将污染的空气引向出口。而且不是必须施加120℃和15分钟的特定组合，可根据内部材料使用不同的组合。当压力增加时则沸点升高；压力减小则沸点降低。
高压灭菌器在发生故障后的正确处理应对思路如下：
1.由专人负责操作，定期维护和检修，压力表等定期送特定的压力容器部门校对。
2.灭菌器一旦故障，应立即停止使用，并紧急联络设备生产厂商或特定的维修公司。
3.如一时不能修复，可暂时停止更换笼具，改用辐照灭菌饲料。
4.长时间不能修复，笼具更换、清洗后用化学消毒剂浸泡，从缓冲间内喷雾消毒后传入屏障设施内，晾干后使用；其他物品则临时改用辐照灭菌后消毒液喷雾传进屏障设施内。
高压灭菌器在每班作业前，应检查各仪表和水、电、汽源和气泵是否正常；作业时，每周打印灭菌记录1次；作业后要保持设备内外的卫生清洁。平时应注意观察设备运转是否正常，发现问题应及时解决。维护时应严格按规定进行规范作业；必要时请专业人员进行检修。在每次灭菌都必须进行安全测试，确保达到有效灭菌。
操作人员必须保持灭菌器内外清洁，擦洗柜内必须在污染区内进行，灭菌饲料后要清洗灭菌器。操作人员要持证上岗，严格按操作规程进行操作。设备操作员负责做好使用、维护与检修的记录工作。
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